Si la formation du futur prêtre est globale, cela passe donc aussi par son aspect humain. C’est avant tout la vie communautaire qui est le lieu de ce volet de la formation. Au Séminaire Saint-Jean, les séminaristes sont répartis en « fraternités » de cinq ou six, et logent dans des appartements qu’ils ont en commun. Chaque fraternité compte ainsi : six chambres, deux salles de bain et deux W.C., une salle de travail avec accès à Internet, une buanderie et une salle à manger. Tout se vit en grande communauté excepté les petits-déjeuners, le dîner du mardi et les repas du week-end. Ces repas sont entièrement gérés par les séminaristes.
Il y a également les temps de travaux manuels proposés le mercredi après-midi, le cours de technique vocale (la musique sacrée fait partie de notre formation), la soirée communautaire du vendredi (une semaine sur deux), et les cours d’anthropologie.